Quando um organismo extraterrestre conhecido como "Savage" ataca a humanidade, a única tecnologia capaz de combater o inimigo é uma arma conhecida como "Hundred" .Um sobrevivente de um ataque Savage, Hayato Kisaragi é um adolescente que possui o mais alto nível de compatibilidade com a tecnologia acima mencionada e, como resultado, é convidado a treinar suas habilidades em Little Garden, uma prestigiada academia militar a bordo de um navio de guerra. Ao longo de seu treinamento intenso para a batalha à frente, ele imediatamente atrai o interesse de múltiplas meninas e é atraído para uma série de incidentes enquanto ele tenta lutar contra as criaturas que agora habitam a Terra e ameaçam sua segurança.